Настает день решающего сражения между армией механических кальмаров и обороняющими Зион людьми. Нео тем временем полфильма пытается разобраться в себе, а вторую половину вершит самоотверженные подвиги. Братья Вачовски в заключительной части трилогии довели до абсурда библейские мотивы и совсем забыли про кунг-фу.